在皮肤外，黑素细胞主要分布于眼、耳和一些内部器官如软脑膜，这些黑素细胞有着和表皮黑素细胞不同的一些特性和功能。它们连同表皮黑素细胞被称为色素系统(pigmentary system)。研究发现。在白癜风中，不仅表皮黑素细胞受损，眼、耳黑素细胞也可能受累.其受累可能和皮肤黑素细胞有着共同的病理生理机制，提示白癜风是一种针对色素系统的系统性病变。
眼黑素细胞进一步分为2类：葡萄膜黑素细胞(分散在脉络膜、睫状体、虹膜的基质中)和视网膜色素上皮细胞。它们在出生后的短时间内完成黑素化过程。胞质中保留黑素体，以第Ⅳ期为主，然后进
入永久性休止状态。眼黑素细胞不仅在视网膜及脑视中枢神经元网络的发展中起重要作用，它们还吸收透过光感受器细胞的光线，参与视网膜与眼血管系统的物质交换。
视网膜色素上皮细胞底部有许多规则的胞膜内陷，称为基底内褶(basal infoldings)。此结构有利于视网膜和脉络膜毛细血管(choriocapillaris)间营养物质、代谢产物、细胞因子的交换。顶部有广泛的细长突起，称为顶部绒毛(eapieal villi)。这些绒毛与感光器细胞交错存在，它们能根据进眼眶光线的强弱而伸长或收缩。视网膜色素上皮细胞中有时可见涡状板层结构、形态不规则褐色脂质体颗粒，是由于视网膜色素上皮细胞吞噬了脱落的感光器细胞碎片所致。
通常白癜风患者很少有眼部异常的主诉，但经眼科仔细检查可以发现高达30%的患者有脉络膜异常和5%的患者有虹膜炎。少数白癜风患者可有视网膜脉络膜脱色素或呈虎斑状改变、视盘萎缩或视网膜动脉狭窄等改变。麻省总医院检查了74例白癜风患者，发现40%病例有脉络膜和视网膜色素上皮病变，如陈旧性脉络膜视网膜炎、视网膜色素变性及局灶性脉络膜视网膜萎缩，约10%病例出现虹膜炎，视力一般正常。此外，10%病例伴有夜盲，但电生理检查未发现异常。
与白癜风有关的眼部异常包括两类：炎症性和非炎症性。炎症性的眼部异常主要表现为葡萄膜炎。葡萄膜炎因严重程度和解剖部位不同而呈现出谱系性。根据已知病因与否可分为特发性葡萄膜炎(病因不明)和已知病因的继发性(病毒感染、组织胞浆菌病、眼部肿瘤)葡萄膜炎。其中特发性葡萄膜炎(包括V-K-H综合征和交感性眼炎)与白癜风关系密切。
研究表明，自癜风患者葡萄膜炎发生率增高，反之，葡萄膜炎患者白癜风发病率亦增高。wagoner等报
